Auf Grundlage des von Holzer Kobler Architekturen erstellten Masterplans werden die Freianlagen der Schlossinsel mit veränderten Wegebeziehungen, Aufenthaltsbereichen und zusätzlichen baulichen Erschließungen neugestaltet. Signalwirkung besitzt die neue Mitte, die sich durch einen kontemporären Erweiterungsbau der zuletzt im Barock entscheidend geformten Schlossanlage auszeichnet. Zeichenhaft vervollständigt der elegant anmutende Erweiterungsbau die bereits im Barock konzipierte, zweite Hofanlage und führt durch seine Form und filigrane, teilweise spiegelnde Materialität das historische Baudenkmal in die heutige Zeit. Mit seiner Weltläufigkeit und der Auflösung zwischen Innen und Außen schafft er für Schloss Gottorf neue Funktionszusammenhänge und neue Narrative zeitgenössischer, musealer Vermittlung.

Das vorrangige Ziel der Neugliederung und Neugestaltung von Schloss Gottorf ist eine sinnfällige Anordnung aller Nutzungsbereiche. Ausgehend von dem neuen Baukörper, der als Eingang, zentraler Verteiler und Veranstaltungsbereich fungiert und zudem die Gastronomie beherbergt, werden neue Rundgänge durch die Ausstellungen im Schlossbau geschaffen. Die mit dem Erweiterungsbau konzipierte Neuorganisation der vertikalen Erschließungen und partiell zusätzlichen Rampen bieten zudem erstmals die Möglichkeit eines barrierefreien Zugangs zu allen Ausstellungsbereichen.
Die landesgeschichtlichen Sammlungen der Archäologie und der Kunst- und Kulturgeschichte sollen zukünftig auf zwei Hauptgeschossen und in Teilen des Sockelgeschosses mit einer Gesamtausstellungsfläche von ca. 8`600 qm präsentiert werden. Es ist geplant, dass diese durch historische „Period Rooms“ und ein dezentrales Vermittlungsangebot ergänzt werden. Unter Beibehaltung der eigenständigen Sammlungspräsentation und Würdigung der unterschiedlichen musealen Erzählweisen wird in der zukünftigen Konzeption eine starke Verknüpfung der beiden Sammlungen und deren zeitgenössischer Bezug angestrebt. Die Kabinettstruktur der herrschaftlichen Schlossräume soll dabei dem freien Erkunden der Sammlungen dienen. Ein klares Leitsystem wird die Orientierung, insbesondere an den vertikalen Knotenpunkten innerhalb der Museen erleichtern. Zudem soll es mit differenzierten Präsentationsformaten ermöglichen, sich innerhalb der inhaltlich und räumlich komplexen Ausstellungseinheiten zurechtzufinden.

Ein idealisierter, rhythmisch organisierter Rundgang soll durch die Ausstellungsbereiche sowie die am Weg gelegenen Servicebereiche und Ruhezonen führen. In der Gesamtkonzeption der Präsentationen soll das Erlebnis des Schlossbaus und seiner Umgebung als authentischer Ort einen hohen Stellenwert einnehmen. So weisen einige besondere Räume im Erdgeschoss und dem 1. Obergeschoss die historische Raumfassung auf und bieten als Interpunktionen im eigentlichen Museumsrundgang Einblicke in die innere Organisation und die Nutzungen des historischen Gebäudes. Im Erdgeschoss soll der Bereich Bildung und Vermittlung eine eigene Raumfolge mit zusätzlichen Satelliten im 1. und 2. Obergeschoss erhalten. Auf diese Weise sind einerseits eigenständige, ungestörte Aktivitäten möglich, andererseits wird die Gelegenheit geboten, Vermittlung und Museumspädagogik eng mit den Ausstellungen zu verknüpfen.

Im Zuge der Neuorganisation ist geplant, die Flächen der Verwaltung, Büros und Werkstätten in den Obergeschossen zu konzentrieren und damit funktionale und großzügige Arbeitswelten in historischer Umgebung zu schaffen.